第二次异形军大战结束三年后，魔女部队解散，宫藤芳音回到扶桑皇国担任测试飞行员。一份来自极地观测站的求救信号将她引向冰封的遗迹，那里她听到了不可思议的歌声——能让机械残骸重组为新型异形军的“核之歌”。新的异形军不再盲目破坏，而是模仿魔女的编队战术。面对全球联合军的惨败，芳音必须找回散落在世界各地的501原成员。从莉涅特的农场到夏莉的赛车场，她们发现每个人的魔力都发生了变异。最终决战在万米高空的平流层展开，芳音必须用歌声而不是子弹，去瓦解异形军孤独的核心。
粉丝向作品的满分答卷。空战作画流畅到令人窒息，音乐与战斗场面的结合燃到炸裂。不仅仅是卖情怀，更是对“为何而战”的深度探讨，夏莉的归来段落帅哭。
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